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ストックオプションの基礎(税制適格・付与手続き・資本政策)

資金繰り総研 編集部 ・ 更新 2026.10.15 ・ 約13分で読めます
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ストックオプションは、現金の給与だけでは採りにくい人材に将来の値上がり益で報いる仕組みです。ただし、税制適格の要件を一つ外すだけで、権利を行使したときに給与として課税されることがあります。本記事では、要件と手続き、資本政策との関係を一次情報に沿って整理します。

この記事の結論
  • ストックオプションは会社法上の新株予約権の一種
  • 税制適格なら行使時に課税されず、売却時に譲渡所得になる
  • 年間行使価額の上限は会社の設立年数で3区分ある
  • 付与の総量は資本政策の中で先に枠を決めておく

ストックオプションとは

ストックオプションは、会社が役員や従業員などに与える「あらかじめ決めた価格(権利行使価額)で、一定の期間内に自社の株式を取得できる権利」です。法律上は、会社法の新株予約権(第2条第21号)にあたります。

たとえば、権利行使価額が1株500円のストックオプションを持つ人は、将来株価が5,000円になったときに権利を行使すれば、500円で株式を取得できます。差額の4,500円が、その人にとっての利益です。会社の価値が上がるほど利益が大きくなるため、会社の成長と働く人の利害をそろえる手段として使われます。

スタートアップで使われる理由

  • 現金を使わずに報いる:資金に限りがある段階でも、将来の値上がり益という形で報酬を用意できます。
  • 長く働いてもらう動機になる:行使できる時期や条件を定めることで、一定期間の在籍を前提にできます。
  • 採用の交渉材料になる:給与水準で大企業と競いにくい場合の補完になります。

注意しておきたいこと

ストックオプションが利益になるのは、会社の株式が上場やM&Aなどで売れるようになったときです。それまでは、持っている人にとって現金化できない権利です。また、行使されると株式が増えるため、既存株主の持分は薄まります(希薄化)。付与の量は、資本政策の一部として決める必要があります。

なお、投資家がお金を払って取得するJ-KISS型の新株予約権も、法律上は同じ新株予約権です。目的も税制上の扱いも異なるため、J-KISS・新株予約権とはで区別して確認してください。

種類と課税の違い

国税庁の「ストックオプションに対する課税(Q&A)」は、ストックオプションを課税の違いで整理しています。主な種類と課税のタイミングは次のとおりです。

種類概要行使したとき株式を売ったとき
税制適格(無償)租税特別措置法第29条の2の要件を満たすもの課税されない売却価格と権利行使価額の差額が譲渡所得(申告分離課税)
税制非適格(無償・有利発行型)要件を満たさない無償のもの行使時の株価と権利行使価額の差額が、雇用関係などに基づく場合は給与所得売却価格と行使時の株価の差額が譲渡所得
税制非適格(有償型)適正な時価で買い取るもの経済的利益は発生せず課税関係は生じない株式譲渡益課税の対象
税制非適格(信託型)信託を通じて役職員に付与するもの国税庁のQ&Aでは、実質的に会社が付与していると考え、給与として課税されるとしている株式譲渡益課税の対象

税制非適格(無償・有利発行型と信託型)では、行使によって株式を交付する際に、会社が給与所得に係る源泉所得税を徴収して納付する必要があると国税庁のQ&Aは示しています。会社側の事務と資金負担にも関わる点です。

税制適格の大きな利点は、行使した時点では現金が手に入らないのに税金だけがかかる、という事態を避けられることです。非適格では、行使時に給与所得として課税されるため、株式を売れない段階で納税資金を用意する必要が生じ得ます。

有償型や信託型は、会計処理や時価の算定、税務の判断が複雑です。導入を検討する場合は、国税庁のQ&Aを確認したうえで、税理士や弁護士に相談しましょう。

税制適格の主な要件

税制適格ストックオプションの要件は、租税特別措置法第29条の2と同法施行令第19条の3などに定められています。主な要件を整理します。

項目要件の概要
発行の形会社法の決議に基づき、金銭の払込みをさせないで(無償で)発行された新株予約権
付与の対象者発行会社またはその会社が議決権の50%超を保有する法人の取締役・執行役・使用人。認定を受けた計画に基づく社外高度人材も対象になり得る
除かれる人付与決議の日に大口株主(非上場会社では発行済株式の3分の1超を持つ人)と、その配偶者など特別の関係がある人
行使期間付与決議の日後2年を経過した日から10年を経過する日まで(一定の要件を満たす会社は15年)
年間の権利行使価額年間の合計が1,200万円を超えないこと(会社の設立年数などにより上限の計算が緩和される)
権利行使価額付与契約を結んだ時の1株あたりの価額以上
譲渡新株予約権の譲渡が禁止されていること
株式の交付付与決議で定めた募集事項に反しないで行われること
株式の保管・管理行使で取得した株式を、証券会社などの金融商品取引業者等に保管の委託などをするか、譲渡制限株式であれば発行会社が自ら管理すること

これらの要件は、付与の契約書に定めておく必要があります。また、権利者は行使の際に、大口株主に該当しなかったことの誓約書や、その年のほかの行使の状況を記載した書面を会社に提出します(同条第2項)。

発行会社は、付与した翌年の1月31日までに「特定新株予約権の付与に関する調書」を税務署長に提出します(同条第6項)。

株式の管理について、以前は証券会社などへの保管委託が中心でしたが、現行の条文では、譲渡制限株式であれば発行会社自身が帳簿で区分管理する方法も定められています(同条第1項第6号ロ)。管理の要件は政令で細かく定められているため、採用する方法は専門家と確認しましょう。

年間行使価額の上限と行使期間

税制適格の要件のうち、会社の設立年数で扱いが変わるのが、年間の権利行使価額の上限と行使期間です。

年間の権利行使価額の上限

条文では「年間の権利行使価額の合計が1,200万円を超えないこと」とされています。ただし、付与決議の日に設立5年未満の会社が付与したものは、権利行使価額を2で割った額で計算します。設立5年以上20年未満で、非上場または上場後5年未満などの要件を満たす会社が付与したものは、3で割った額で計算します(租税特別措置法第29条の2第1項、同法施行規則第11条の3第1項)。

付与決議の日の会社の状態計算の仕方実質的な年間の上限
下の2区分に当てはまらない会社権利行使価額そのまま1,200万円
設立5年未満権利行使価額÷22,400万円
設立5年以上20年未満で、非上場または上場後5年未満など権利行使価額÷33,600万円

上限を超えることになる行使については、超えることとなる新株予約権の行使による株式の取得について非課税の特例が適用されません(同項ただし書)。複数回に分けて行使する人は、その年のほかの行使分と合計して判断します。

行使期間

原則は付与決議の日後2年を経過した日から10年を経過する日までです。付与決議の日に設立5年未満で非上場の会社が付与したものは、15年を経過する日までに延びます(同条第1項第1号、同法施行規則第11条の3第2項)。上場やM&Aまでに時間がかかる会社でも、権利が期限切れになりにくくなりました。

付与の条件をこれらの範囲より厳しく設定すること(たとえば上場後でなければ行使できない条件)は、契約で定めることができます。

権利行使価額の決め方

税制適格では、権利行使価額を、付与契約を結んだ時の1株あたりの価額(株価)以上にする必要があります(租税特別措置法第29条の2第1項第3号)。非上場会社では株価がないため、算定方法が問題になります。

国税庁のQ&Aが示す考え方

  • 原則方式:所得税基本通達23〜35共−9の例で算定します。最近(おおむね6か月以内)に売買の実例があれば、その価額などを使います。国税庁のQ&Aは、増資は売買実例として扱い、新株予約権の発行や行使は売買実例にあたらないとしています。
  • 特例方式:取引相場のない株式の場合、一定の条件の下で、財産評価基本通達の例により算定することもできます。会社の規模に応じて、類似業種比準方式や純資産価額方式などを使います。

同Q&Aは、特例方式の純資産価額方式の例として、直前期末の純資産価額(相続税評価額ベース)が50万円、発行済株式が普通株式1,000株の会社では、50万円÷1,000株=500円となり、権利行使価額を500円以上にすれば要件を満たすと説明しています。

注意したい点

  • 「契約の締結の時」は、付与契約の日が付与決議の日などから6か月を経過していない場合は、決議の日として差し支えないとされています。
  • 直前期末から付与契約日までの間に株式を発行した場合などは、仮決算や払込額の加算が必要になることがあります。
  • 優先株式などの種類株式を発行している会社は、その内容を勘案して普通株式の価額を個別に算定します。

投資家が優先株式を高い株価で引き受けた直後でも、普通株式の価額は別に考えるため、算定の根拠を書面に残しておきましょう。株価の考え方はバリュエーションと希薄化の基礎、優先株は優先株の条件で解説しています。

付与の手続き(会社法と税務)

ストックオプションの付与は、会社法の「募集新株予約権の発行」の手続きで行います。

  1. 設計:対象者、個数、権利行使価額、行使期間、行使条件、譲渡制限、会社が取得できる事由などを決めます。新株予約権の内容として定める事項は会社法第236条にあります。
  2. 取締役に付与する場合の報酬決議:取締役への報酬として募集新株予約権を与える場合、定款に定めがなければ、株主総会でその数の上限などを定めます(会社法第361条第1項第4号)。
  3. 募集事項の決定:非公開会社では株主総会の特別決議で定めます(第238条第2項、第309条第2項第6号)。株主総会で内容と数の上限などを定めて取締役(会)に委任することもでき、委任は割当日が決議から1年以内の募集に限り有効です(第239条)。公開会社では原則として取締役会で決め、割当日の2週間前までに株主へ通知または公告します(第240条)。無償で発行することが特に有利な条件にあたる場合は、株主総会で理由を説明します(第238条第3項)。
  4. 割当てと契約:対象者ごとに付与契約を結びます。税制適格の要件を契約書に盛り込みます。
  5. 新株予約権原簿の作成:新株予約権を発行した日以後遅滞なく、新株予約権原簿を作成し、権利者や内容、数などを記載します(第249条)。付与のたびに更新し、資本政策表と数字を合わせておきます。
  6. 登記:新株予約権を発行すると、その数や内容を登記します(第911条第3項第12号)。登録免許税は申請1件につき9万円です(登録免許税法別表第一第24号(一)ヌ)。
  7. 税務の届出:税制適格の場合、付与した翌年1月31日までに付与に関する調書を税務署長へ提出します。

後に権利が行使されて株式を発行したときの変更登記は、毎月末日現在でまとめ、末日から2週間以内に行えばよいとされています(第915条第3項第1号)。

株式の発行手続きとの共通点は株主総会・払込・登記の手続きで解説しています。

計算例:税制適格と非適格の違い

考え方を理解するための仮の数字で計算します。実際の税額は、ほかの所得や住民税、控除などで変わります。

前提

  • 設立3年の非上場会社が、従業員に1,000株分のストックオプションを無償で付与
  • 権利行使価額:1株500円
  • 行使時の株価:1株5,000円
  • 売却時の株価:1株8,000円
場面税制適格税制非適格(無償・雇用関係に基づく)
行使時に課税される所得なし(5,000円−500円)×1,000株=450万円(給与所得)
売却時に課税される所得(8,000円−500円)×1,000株=750万円(譲渡所得)(8,000円−5,000円)×1,000株=300万円(譲渡所得)
所得の合計750万円450万円+300万円=750万円

所得の合計はどちらも750万円です。違いは「いつ」「どの種類の所得として」課税されるかです。非適格では、株式をまだ売れない段階で450万円が給与所得として課税され、給与所得は他の所得と合わせて累進税率がかかります。税制適格では、売却して現金が入ったときに、申告分離課税の譲渡所得としてまとめて課税されます。

また、非適格(無償・有利発行型)では、会社が行使時に源泉所得税を徴収して納付する必要があります。本人が株式を売れないまま行使すると、会社には源泉徴収の事務が、本人には納税資金の負担が同時に生じます。税制適格の要件を満たすかどうかは、会社と受け取る人の双方にとって重要です。

年間行使価額の上限の確認

この会社は付与決議の日に設立5年未満なので、権利行使価額を2で割って計算します。500円×1,000株=50万円を2で割ると25万円で、1,200万円の範囲に十分収まります。同じ条件なら、1年間に行使できる上限は、1,200万円×2÷500円=48,000株分です。

資本政策との関係

ストックオプションは、行使されれば株式が増えるため、資本政策に直接影響します。

  • 潜在株式として数える:投資家は一般に、発行済株式に未行使のストックオプションなどを加えた「潜在株式込み」の株数で持分を見ます。次の調達の株価交渉でも、この数が前提になります。
  • 付与の枠を先に決める:採用計画に合わせて、いつ、誰に、どのくらい付与するかの枠を先に決めておくと、場当たり的な付与を避けられます。枠の大きさは、事業の段階や採用計画、投資家との合意で決まります。
  • 投資契約の制約:投資契約で、ストックオプションの発行に投資家の事前承認が必要とされていることがあります。タームシート・投資契約の読み方で確認しておきましょう。
  • 発行可能株式総数:新株予約権の行使で発行される株式の数も、定款の発行可能株式総数の枠内に収める必要があります(会社法第113条第4項)。
  • 大口株主の要件:非上場会社では、付与決議の日に発行済株式の3分の1を超えて持つ人とその親族などは、税制適格の対象外です。創業者自身への付与を考える場合は、この要件に注意が必要です。

投資家との面談では、ストックオプションの付与方針(誰に、どの程度、どのような条件で)を聞かれることが多いです。付与済みの数と今後の枠を説明できるようにしておくと、調達の交渉が進めやすくなります。調達の進め方は資金調達ラウンドの進め方を参照してください。

付与する前に整理したいこと

付与した後に条件を変えるのは手間がかかり、税制適格の扱いにも影響し得ます(国税庁の質疑応答事例には、契約内容を税制非適格から税制適格に変更した場合の事例があります)。誰に何を約束するのかを、書面で明確にしてから付与しましょう。持分の推移は資本政策の基礎、希薄化の考え方は用語集「希薄化」を参照してください。

受け取る人に説明しておきたいこと

ストックオプションは、受け取る人にとって分かりにくい報酬です。付与の時に次の点を書面で説明しておくと、後の誤解やトラブルを減らせます。

  • 現金化できる時期:非上場の間は、株式を取得しても自由に売れないのが一般的です。上場やM&Aが起きなければ、利益にならない可能性があります。
  • 行使に必要なお金:行使するときは、権利行使価額×株数のお金を自分で払い込みます。上の計算例では500円×1,000株=50万円です。
  • 課税のタイミング:税制適格なら行使時の課税はありませんが、要件を外れると行使時に給与所得として課税される可能性があります。
  • 退職したときの扱い:退職すると行使できなくなるのか、一定期間は行使できるのかは、付与契約の行使条件によります。
  • 株式の管理:取得した株式は、証券会社の専用口座や会社による管理の下に置かれ、そこから出すと特例に影響することがあります。

説明資料は、対象者が自分で税理士などに相談するときの材料にもなります。会社側が個別の税額を保証するような説明は避け、一般的な仕組みの説明にとどめましょう。

ストックオプション導入前のチェックリスト

  • 付与の目的(採用、定着、貢献への報い)と対象者の範囲を決めた
  • 対象者が取締役・執行役・使用人(または認定を受けた社外高度人材)に該当するか確認した
  • 対象者が付与決議の日に大口株主やその特別関係者に該当しないか確認した
  • 行使期間が付与決議後2年経過後から10年(要件を満たす会社は15年)以内になっている
  • 会社の設立年数に応じた年間権利行使価額の上限を確認した
  • 権利行使価額を付与契約時の株価以上に設定し、算定の根拠を書面に残した
  • 譲渡禁止、株式の保管委託または会社による管理の定めを契約書に入れた
  • 取締役に付与する場合、報酬としての株主総会決議の要否を確認した
  • 募集事項の決議、登記(登録免許税9万円)、翌年1月31日までの調書提出の段取りがある
  • 潜在株式込みの持分と、今後の付与枠を資本政策表で確認した
  • 投資契約上、発行に投資家の承認が必要かを確認した
  • 対象者に、課税のタイミングや行使条件を説明する資料を用意した

よくある失敗の型と防ぎ方

失敗の型起きること防ぎ方
権利行使価額の根拠を残さない付与契約時の株価以上だったかを後から説明できず、税制適格の判断が揺らぐ国税庁のQ&Aの考え方に沿って算定し、算定書や議事録で根拠を保存する
年間行使価額の上限を一度の行使で超えてしまう超えることとなる行使分に非課税の特例が適用されない行使前に、その年のほかの行使分を合計して上限を確認する手順を作る
大口株主に付与してしまう税制適格の対象外となり、行使時に課税される付与決議の日時点の持株比率と親族関係を確認する
株式の保管・管理の要件を見落とす行使後の株式が要件どおりに管理されず、特例の適用に影響する証券会社への保管委託か会社による管理かを事前に決め、契約に定める
付与の枠を決めずに配ってしまう後から採用する人に付与する余地がなくなり、次の調達で持分の説明に困る資本政策表で付与枠を決め、付与のたびに残りを更新する
調書の提出を忘れる税務上の手続き漏れになる付与した年の翌年1月の作業として年間予定に入れる

よくある質問

ストックオプションは誰に付与できますか?
会社法上は、役員や従業員以外にも新株予約権を発行できます。ただし税制適格の対象は、発行会社やその子会社(議決権50%超)の取締役・執行役・使用人と、認定を受けた計画に基づく社外高度人材に限られ、大口株主などは除かれます。
税制適格ストックオプションは行使時に税金がかかりませんか?
要件を満たせば、行使による株式の取得に係る経済的利益には所得税が課されません。株式を売却したときに、売却価格と権利行使価額の差額が譲渡所得として申告分離課税の対象になります。
年間の行使額の上限はいくらですか?
条文上は年間の権利行使価額の合計1,200万円です。設立5年未満の会社が付与したものは権利行使価額を2で割り、設立5年以上20年未満で非上場などの要件を満たす会社のものは3で割って計算するため、実質的に2,400万円、3,600万円まで行使できます。
権利行使価額はいくらにすればよいですか?
付与契約を結んだ時の1株あたりの株価以上にする必要があります。非上場会社では、国税庁のQ&Aで、一定の条件の下で財産評価基本通達の例(純資産価額方式など)により算定する方法が示されています。
行使できる期間はどう決まりますか?
税制適格では、付与決議の日後2年を経過した日から10年を経過する日までです。付与決議の日に設立5年未満で非上場の会社が付与したものは、15年を経過する日まで延びます。
信託型ストックオプションは税制上どう扱われますか?
国税庁のQ&Aでは、実質的に発行会社が役職員に付与していると考え、行使時の経済的利益は給与として課税されるとしています。会社には源泉所得税の徴収・納付が求められます。
退職した人のストックオプションはどうなりますか?
法律で一律に決まっているわけではなく、付与契約の行使条件で定めるのが一般的です。退職時に失効するのか、行使できるのかを、付与前に契約で明確にしておきましょう。
出典・参考
  • e-Gov法令検索「租税特別措置法」第29条の2 https://laws.e-gov.go.jp/law/332AC0000000026(2026年10月確認)
  • e-Gov法令検索「租税特別措置法施行令」第19条の3 https://laws.e-gov.go.jp/law/332CO0000000043(2026年10月確認)
  • e-Gov法令検索「租税特別措置法施行規則」第11条の3 https://laws.e-gov.go.jp/law/332M50000040015(2026年10月確認)
  • e-Gov法令検索「会社法」第2条・第113条・第236条・第238条〜第240条・第249条・第309条・第361条・第911条・第915条 https://laws.e-gov.go.jp/law/417AC0000000086(2026年10月確認)
  • e-Gov法令検索「登録免許税法」別表第一第24号 https://laws.e-gov.go.jp/law/342AC0000000035(2026年10月確認)
  • 国税庁「ストックオプションに対する課税(Q&A)(情報)」(令和6年11月13日) https://www.nta.go.jp/law/joho-zeikaishaku/shotoku/shinkoku/241130/index.htm(2026年10月確認)
  • 国税庁 タックスアンサー(コード1540)「ストック・オプション税制の適用を受けて取得した株式を譲渡した場合」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1540.htm(2026年10月確認)
  • 国税庁 タックスアンサー(コード1543)「税制非適格ストック・オプションに係る課税関係について」 https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/shotoku/1543.htm(2026年10月確認)

本記事は一般的な情報提供で、特定の金融商品の勧誘を目的とするものではありません。条件は事業者や状況により異なります。契約の内容は、専門家にご確認ください。

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